到正统时期，尚有许多寺院废坏，朝廷亦申令不得重修。正统五年（1440年）三月，“令有司取勘寺观田地，无僧道管业者，发与佃人耕种，计亩征粮。勿令别寺观僧道兼管收租，有误粮税。寺观废者，毋得重修。” 正统六年（1441年），“令新创寺观曾有赐额者，听其居住。今后再不许私自创建。”这个说法，虽然表示朝廷仍在申明禁止私自创立寺院的政策，但明明透露出，私人所创寺院有因请得朝廷所赐门额而合法化者。正统十年（1445年）三月，英宗召礼部尚书胡濙等再次申明前谕。 次年九月，有4名僧人在彰义门外私自创立寺院，被监察御史举奏，付法司问罪，杖责充军。大致正统前期，遵循前朝限制寺院修建政策。但到正统末，王振佞佛，请英宗每年度僧一次。并请重修禁城西金代庆寿寺为大兴隆寺。英宗惑于其说，命役使军民万人，费物料钜万。正统十三年（1448年），寺成，“壮丽甲于京都内外数百寺，改赐今额，树牌楼，号‘第一丛林’。命僧作佛事，上躬行临幸。” 此后不久，英宗于土木之变中被俘，景帝即位，吏部听选知县单宇上疏言：“近年以来，修盖寺观遍满京师，男女出家累千百万，不事耕织，蠹食于民。所以胡风行而人心惑也。况所费木石铜铁，不可胜计。以有用之财，为无用之费。请折其木石，改造军卫，销其铜铁，以备兵仗，遣其僧尼，还俗生理。庶几皇风清穆，胡教不行。” 疏入，未行。 此时寺院已经逐渐兴盛起来。英宗复辟以后，修建寺院大为积极起来。天顺元年，大赐佛教寺院扁额。十月，“赐在京并浙江等处寺额曰真庆、嘉福、圆林……凡四十寺。”十一月，复赐在京在外诸寺额凡40寺，“额曰：法光、永泰……” 这80个寺院中有一些先前就已经得到过皇帝的赐额。英宗复辟之后，对朝廷内外的权力体系关系分外敏感，大概也希望确定这些寺院和自己的直接关系。同时，当时英宗患足疾，要为自己命运祈祷，因此发生这种集中赐给寺院名额之事。这样规模的皇帝赐额造就了一大批拥有特权地位的寺院，对佛教的大流行产生了强大的推动作用。十二月，其他寺院闻风而动，纷纷求请赐额，遂令禁止。天顺三年（1459年），秦王府典膳侯介请修古寺并求寺额护敕。英宗令将侯介送法司治罪，并切责秦王。大致天顺时期，寺观修建增多，但还略有约束举动。 

　　宪宗即位，在登极诏中称要停止寺院修建。 但是，崇尚佛教本身已经风气日重，朝廷因自然灾害发生而令寺院祈祷的事情也屡有发生。不仅皇室修建寺院或者通过赐给寺院名额而建立与寺院的特殊关系，内外官员也在修建寺观。成化六年（1470年），翰林院编修陈音请降低佛子、法王、真人位号，杜其恩赏，并请禁绝寺观修建。宪宗以祖制如此，不予采纳。 据成化七年（1471年）吏部尚书兼文渊阁大学士彭时上疏，当时皇帝在宫中、宫外皆常举行斋醮，而朝臣对宫廷外的斋醮已经习以为常，但愿皇帝不在宫廷之内修斋而已。 成化八年（1472年）七月，因修隆善寺成，升工匠30人为文思院副使。 成化十四年（1478年），因修建大圆通等寺动用大批官军劳役，英国公张懋奏请停止，宪宗不肯。 成化二十一年（1485年）正月，礼部尚书周洪谟等因灾变言事，其中说到：“成化十七年以前，京城内外敕赐寺观至六百三十九所，后复增建，以至西山等处相望不绝。自古佛寺之多，未有过于此时者。” 是年三月，南京吏部尚书陈俊合诸大臣应诏言事，其中也说到：“两京寺院，增加数多。宜严禁私建及请寺额。” 如此看来，成化时期，南北两京寺院，经宪宗的亲自主持，数量激增，而且其中多因与皇室有直接关系而享有特权。在这种变化中，寺院实际上成了皇帝为核心的大特权阶层的特殊领地。与此同时，佛教在国家政治理念中作为“异端”的地位——至多是化导“愚顽”的工具的地位，仍然没有根本改变。这反映着一种国家理念与国家行政实际，皇室与国家之间双重的精神分裂。在此以后，明朝国家行政一直没有摆脱这种精神分裂的阴影。   

　　孝宗即位，多次申明禁止寺院奏讨赐额。也有地方官按照此意尝试执行。弘治间，都御史马文升、礼科给事中张九功、工科给事中夏昂、监察御史马垔先后上疏要求拆毁天下寺观。孝宗依违两间，命维持“祖宗旧制”。 不过，寺院修建趋势还是略为减杀。至武宗即位，朝臣趁新君初立，又欲加以清理。武宗也略做限制寺院修建的姿态。正德六年（1511年）二月，巡按四川监察御史俞缁上疏，称四川盗贼不息，各府州县役无虚日，地方为防盗贼，“拆寺穿井”，以至游僧无地自容，不免驱而为贼。礼部尚书费宏覆奏，“亦合斟酌缓急，以俟盗息民安，另为区处。” 由此看来，正德初期，虽然在京师寺院因与皇室的特殊关系而没有受到冲击，但地方确曾推行折卖额外寺院的方针。正德九年（1514年）十月，刑部主事李中上言，引梁武帝信佛，卒为侯景所逼，饿死台城，以及韩愈谏迎佛骨故事，劝武宗毁大内佛寺，斥逐喇嘛。疏入，武宗不予理睬。不久，将李中降为广东驿丞。 此后仍然有禁止民间修建寺院之令，但在发出这样的命令的同时，皇帝自己则随意修建寺院。