除了基督教“家庭教会”之外，天主教内与官方支持的“爱国会”严重对立的天主教“地下教会”在与罗马教廷的关系及主教任命问题上，也始终存在着与政府宗教管理部门的严重矛盾。

    政府宗教管理部门在与体制外宗教团体的长期对峙中，不得不在宗教领域内既当“裁判员”，又当“运动员”，这种政府角色的错位和行政权力的滥用与信用的过度透支，让政府逐渐失去了自己作为超然于宗教之上的社会公共利益调节者的中立地位，失去了手中原有的在整体上影响中国宗教发展的主导权。宗教管理体制的无效性在此暴露无遗——如果全国各地各级宗教管理部门与管理干部经过几十年的长期努力、付出了巨额代价之后，仍然无法依靠现行宗教管理体制消灭“非法宗教组织”、以至于现在不得不承认现实，只能默认体制外宗教团体的自由发展，那么，宗教管理体制的设计本身无疑具有严重的问题，其功能已经丧失。

    2. 依靠专政力量处置宗教问题

    现行宗教管理体制设计的初衷是希望通过各级党政系统内的宗教工作机构，以行政方式有效地将宗教置于国家的控制之下。应该说，这一体制在上个世纪五、六十年代是非常有效的，在七十年代末到八十年代也仍然有一定的效果；但在九十年代之后，其无效性逐渐显露；进入二十一世纪后，基本失灵。失灵的标志是，越来越多的地区，当地方政府宗教管理部门无法有效地清除体制外宗教团体而又希望实现当地宗教的“规范化”管理时，不得不将打击、清理体制外宗教团体的任务转给公安部门，借由专政机关的力量解决宗教管理工作中的难题。按照这种分工，政府宗教管理部门只负责管理“爱国宗教团体”，即“合法宗教组织”，其他一切没有注册登记、未被政府的宗教团体统统属于公安机关“关注”的对象。

    如此一来，政府宗教管理部门的压力减少了，公安部门却被迫站到了与体制外宗教团体与宗教信徒对立的第一线，体制外宗教团体与政府宗教管理部门的矛盾转化成立信教群众与专政机关的“警民冲突”。过去只在非常必要的情况下偶然被用来配合政府宗教行政管理的国家专政力量，在某些地区已经由后台跑到了前台，由辅助手段变成了政府处置宗教问题的常规办法；传统的宗教行政管理被具有高压强制特点的“治安管理”取而代之。久而久之，强制清理也归于无效，宗教管理部门与专政机关的权威荡然无存[12]。宗教方面稍稍“有事”，政府除了动用更多的警力外，别无他法——动用警察是政府宗教管理体制拥有的最后一张王牌，这张牌之后，如果问题未能解决，政府不可能动用军队解决宗教问题（新疆、西藏的情况不是简单的宗教问题，不同于内地的政教冲突，不具可比性）。这个事实宣告了政府以传统的行政方式处理宗教问题的宗教管理体制已经破产——即使有党政系统宗教工作机构的双重设置也不能解决问题，还需要使用更多更昂贵的行政资源，在公安系统内设置对付宗教的专门机构（国内安全保卫大队）。在某些地区，为了应对宗教问题，地方政府不得不长年依靠公安机关动用警力，“维持稳定”。政府宗教管理成本的成倍激增，国家行政资源的体制性浪费已经达到了惊人的地步。继续使用这种需要消耗国家巨额资源的宗教管理体制，除了增加政府与群众的对立，削弱执政党的群众基础之外，不仅不能解决任何问题，而且会使国家财政难以承受，最终使国家对宗教的控制机制陷入瘫痪、完全失灵。