于是，为了应对宗教方面的新问题，提高宗教管理的效果，在中国各级政府大力精简机构、压缩编制的高潮中，中央政府非同寻常地对负责宗教行政管理的宗教局系统进行了扩充。1988年，历来“无权无钱”、不被人看重的国务院宗教局得到了成立以来最大规模的机构扩充，人员编制增加，行政经费大幅提高。

    1994年，宗教发展的“严峻形势”使中央政府再次感受到加强宗教行政管理的“必要性”，宗教管理部门也因此而再度受益。在国务院新一轮大规模精简机构的大潮中，宗教局不裁不缩，再次得到扩充加强。各级地方政府宗教事务机构也得到了进一步健全和加强。全国宗教行政管理体系的规模、预算、行政资源从来没有如此之大。作为国家宗教管理体制最主要的执行者，宗教局不仅没有因各种新老宗教问题的出现受到任何问责，反而因此迎来了自己历史上前所未有的“黄金时期”。1998年，国务院宗教事务局的名称改成了听起来更具有权威的“国家宗教事务局”。

    国家宗教事务局的更名，表明了国家对现行宗教管理体制的肯定与重视。但宗教行政管理体制的强化与其说是宗教管理体制的胜利，不如说是一幕地道的行政悲剧，是中国宗教的现实对现行宗教行政管理机制运转失灵及其无效性的莫大讽刺，是一个宗教管理的“怪圈”——国家要控制宗教，就需要建立宗教行政管理机制；宗教行政管理机制对宗教管得越紧，宗教方面的反弹烈度就越大、问题就越多；宗教方面的问题越多，国家对宗教管理机制的投入就越大、宗教管理机制就越庞大；宗教管理机制越庞大，宗教管理力度就越大，最终导致宗教方面的问题也越大，国家被迫再度加大对宗教管理机制的投入……。在这个“怪圈”中，国家、社会与宗教界是受害者，唯一的受益者是各级政府的宗教行政管理机构。对迷信“政府权力万能论”与追求以高压手段实现社会“稳定”的人而言，宗教管理“怪圈”的存在，恰好“证明”了采用行政手段甚至暴力手段“管理宗教事务”的必要性。倒果为因的荒谬，莫此为甚。

    经过半个多世纪的努力，通过覆盖全国各地的宗教行政管理网络，中国确立并逐步强化了现行宗教管理体制，但宗教行政管理体制毕竟是计划经济与阶级斗争时代宗教管理的产物。尽管这个体制当时在帮助党和政府控制宗教方面发挥过巨大的作用，但在国家实行“依法治国”、整体上实行改革开放、中国的社会结构与经济基础发生巨大变化的今天，宗教行政管理体制赖以存在的各种条件与因素都已不复存在了，原体制设计的“合理性”与有效性随着时间的推移日益衰减、消失。要想使用政治手段加行政手段的方式适应今天宗教方面面临的复杂形势，继续实现将宗教政治化、附属化、工具化的管理目标，已经不可能了。事实上，在许多地方，上个世纪五十年代确立的宗教管理体制本身，因其难以适应转型时期中国社会发展的需要，已经成了处理好党和政府与宗教信仰者之间的关系，有效解决宗教方面新老问题的障碍。在宗教领域的一些重大问题上，现行宗教管理体制的无效性暴露无遗，以下试举几例。

    1. 日益发展的体制外宗教团体

    中国宗教管理体制的基本目标本来是要确保国家对宗教、宗教团体、宗教信仰者的控制。但经过将近六十年的 “管理”，中国的宗教不但没有得到严格“控制”，反而在“爱国宗教团体”之外，滋生出几千万既不被政府承认、又不受政府控制的、人数庞大的宗教团体（也有人称其为“非法宗教组织”、“未登记的宗教组织”）。其中最为突出的是基督教“家庭教会” [11]，这是现行宗教行政管理体制无效性的典型体现。

    “家庭教会”是泛指没有参加官方认可的“三自教会”系统的基督教组织，其成因与内部构成情况复杂。近10年来，“家庭教会”不仅在数量上持续增加、在成员构成上趋于年轻化、知识化，在地区分布上日益扩大，而且在活动上逐步公开化。它们的存在是对中国现行宗教管理体制的严重挑战。在某些地区，“家庭教会”与地方政府管理部门的冲突已经达到白热化、经常化、社会化的程度。各级政府宗教管理机构对此非常头疼却无可奈何，拿不出行之有效的对策。几十年来，各级政府宗教管理部门从未放松过对“家庭教会”的清理与打压，但结果却适得其反。为了维持现行宗教管理体制，国家不得不持续动用巨额资源，投入到与“家庭教会”的长期斗争中而不能自拔。斗争的结果除了有利于维持宗教管理部门的存在之外，对“家庭教会”根本无法起到遏制效果。另一方面，由于宗教立法滞后，政府打压“家庭教会”的行动缺乏法律依据（目前只有行政机关自己制定的行政法规、规章），政府通过行政手段强行控制宗教、打压“家庭教会”的行为缺乏社会认可，无法得到教内教外广大群众与社会舆论在正当性方面的支持；在国际上更是长期受到舆论的指责，从未得到任何政府、国际组织、宗教团体与主流媒体的赞赏。