中国处理宗教问题的机制比较复杂，不是三种方式中任何一种的简单应用，而是在不同时期采取不同方式，或几种方式兼而有之，同时还具有中国的“特色”。中国处理宗教问题的机制经历了几个不同阶段：建国初期主要是政治方式；上个世纪五十年代到文革之前是政治、行政手段并用、以行政手段为主；文革开始到改革开放之前，宗教“被消亡”，不存在宗教问题；七十年代末到九十年代初，恢复使用行政手段；九十年代至今，全面强化行政管理方式，但与过去采用行政手段的做法有所不同——不是单纯依靠政府宗教行政管理部门的常规方式进行工作，而是一方面开始引入法制因素为行政方式提供管理依据，让法制为行政服务，推行“依法管理宗教事务”。另一方面，将专政工具与暴力手段作为行政方式的经常性补充与替换，把宗教问题纳入“治安”或“维稳”的范畴进行处置（近年来，各地公安系统不断扩充加强专门处置宗教问题的机构，经常性地使用警力介入政教冲突）。不同地方的政府应对宗教问题时常常会交替或综合使用各种方式，但无论形式如何多样，其核心仍然是立足于行政手段。回顾中国处理宗教问题机制的发展历程，可以清楚地看出党在处理宗教问题上的思路及这套机制的功效。

    1. 宗教内部政治运动

    1949年，中国共产党领导的中国革命取得了成功，党成为中国社会的领导力量，各级政府是党的路线、方针、政策的贯彻与执行系统。这种政治权力的运作机制为国家使用政治方式处理宗教问题奠定了基础。上个世纪五十年代，新生的人民共和国成立之初，政府行政部门的序列中并无处置宗教问题的专门机构，法律体系中也无涉及宗教的立法（宪法规定了宗教信仰自由，但宪法本身没有司法化）。解决宗教问题，主要是由党和国家的领导出面，接见当时的宗教领袖，表达党和政府的政治意愿，最后经由两个渠道贯彻落实到基层。一方面是宗教系统，由宗教领袖在各自的宗教团体内进行工作；另一方面是各级党政系统，以中央党政领导的讲话、指示为依据处理宗教问题，这两个途径在宗教内部开展大规模的政治运动中殊途同归。

    以政治方式解决宗教问题最典型的是基督教。1950年5月，周恩来三次接见中国基督教领袖吴耀宗（参加1949年第一次全国政协会议的宗教界首席代表）、刘良模、王梓仲、赵紫宸等人，与他们进行了长谈。毛泽东也于5月21日在政协会议期间接见了吴耀宗。[5]当时，基督教领袖迫切希望拜见中央政府领导人的初衷是为了向中央政府“反映各地基督教遇到的困难”。但政教双方的实力对比决定了政教领袖的会见，只能是处于绝对强势一方的政府向微不足道的宗教一方提出政治要求，而不是互提要求、讨价还价。不过在形式上，此时的宗教团体还保留着其存在于政府系统之外的独立实体地位。吴耀宗等人理解并接受了政府对基督教的立场，草拟了《中国基督教在新中国建设中努力的途径》（后来被称为“三自宣言”）的文件。同年7月19日，毛泽东向各级党委发出指示，“吴耀宗文件是很有用的，请考虑用内部文件方式电告各中央局及各省市委，并要他们注意赞助”。[6]

    佛教、天主教的领袖人物在五十年代初期，也都在不同场合先后受到过党和国家领导人的接见。党和政府的负责人亲自向宗教领袖传递信息，使政教双方的高层达成了如何让宗教在中国继续存在下去的共识，这对日后中国政教关系的发展影响极大。一方面，党向包括宗教界在内的全社会明确了要在社会主义的中国实行宗教信仰自由政策；另一方面，各宗教的领袖也明白了各宗教必须接受党的领导，满足党的政治要求，这是保证宗教在中国得以继续生存的前提。当时，党和国家领导人对宗教界的工作，主要是着眼于各宗教中有代表性并愿意与政府合作的领袖人物。党的目标是建立与各宗教的统一战线，为巩固红色政权获取最广泛的支持。这项具有战略意义的政治工作是党的统战工作的一部分，建国后长期担任中央统战部长的李维汉也因此成了建国之后到六十年代初党内实际掌管宗教政策的负责人。统战部作为党的职能部门负责就宗教问题提出政策建议、联络宗教领袖的工作职责一直延续至今。