政治领袖会见宗教领袖的效果不久就显现出来了，各宗教内部相继出现了轰轰烈烈的政治运动，这是使用政治方式处理宗教问题不可缺少的措施。基督教开展了“三自（自治、自养、自传）革新运动”（后改为“三自爱国运动”）、天主教开展了“反帝爱国运动”，这两个政治运动的目标是“割断与帝国主义的联系、摆脱帝国主义的控制、肃清帝国主义的影响”、夺回宗教组织的控制权。基督教后来即以“三自爱国运动”为其组织名称，称作“中国基督教三自爱国运动委员会”，这就是日后人们所说的“三自教会”名称的由来。文革结束后，基督教又成立了各级“基督教协会”，但各级“三自爱国运动委员会”作为基督教信徒的政治组织一直保留至今。与此同时，天主教通过开展“反帝爱国运动”，在各地成立了“天主教爱国会”，破除了罗马教廷制订的天主教“圣统制”与“教阶制”，开始“自选自圣”主教，并于五十年代后期最终彻底切断了与梵蒂冈的关系。

    佛道教的情况与基督教、天主教有所不同，不存在“割断与帝国主义的关系”问题，但也需要改造。为了在佛道教中贯彻党的政治路线，将长期处于高度分散状态的佛道教纳入政府管理体系，对寺庙宫观实施有效的管理，佛教于1953年、道教于1957年，相继成立了“中国佛教协会”与“中国道教协会”，开展了以“废除封建特权与封建压迫制度”为宗旨的“民主改革”运动，革除了千百年来佛道教内部的“宗教陋习”；同时，国家收回了作为宫观寺院经济支撑的山林土地。

    藏传佛教和伊斯兰教是中国少数民族中信徒人数最多的两个宗教，其领袖在建国初期也都受到过毛泽东、周恩来等党政领导人的会见。按照在少数民族地区开展任何工作都“必须慎重”的原则，这两个宗教内部的政治运动是在五十年代中后期结合少数民族地区的社会改革逐渐展开的，是宗教制度的“民主改革”。西藏和其他藏区的藏传佛教制度的“民主改革”以“废除政教合一制度与寺庙封建剥削特权”为宗旨；西北地区伊斯兰教宗教制度的“民主改革”的目的是“清除封建残余、改革旧的宗教习俗”、“废除宗教中的封建特权和剥削压迫制度”。其他少数民族地区的宗教内部也先后经历了类似的改革，但在“民主改革”的方式上，相对温和。

    至于中国基层社会与农村大量存在的各种民间宗教与民间信仰，它们未能被纳入宗教之列，而是作为“反动会道门”与“封建迷信”，受到政府的取缔、打击，最后在上个世纪五、六十年代的阶级斗争与政治运动的狂风暴雨中被荡涤得一干二净（改革开放之后，中国社会的民间宗教与民间信仰有所恢复，但其规模与影响有限，无法与1949年前相提并论）。

    经过各教内部的政治改革运动，中国宗教的面貌发生了根本的改变。到了上个世纪六十年代中期，随着国内政治运动的不断升温，各种宗教的人数急剧下降，宗教在中国内地已经基本“被消亡”，在整体上丧失了社会影响，只有少数民族地区由于全民信教的历史传统，宗教还有一些“残存”的影响。至此，党和国家领导人再也无需通过会见“宗教领袖”、做“宗教领袖”个人工作的方式来处置宗教问题了。

    2. 确立宗教管理体制

    党以政治方式处理宗教问题取得了完全的成功。但这个胜利是初步的、阶段性的。要巩固党在宗教领域内进行政治斗争的成果，需要有体制上的保证。同时，对基层政府来说，没有一个专门的政府机构，要处理大量的、日常性的宗教问题，是很难操作的，即使通过努力取得了某种效果，也难以巩固、持久。在对宗教上层人士开展统战工作的同时，中央党政领导已经意识到了宗教问题的长期性、复杂性，宗教问题不是与宗教领袖见几次面、谈几次话就可以万事大吉了。于是，1950年7月，按照周恩来的指示，政务院文化教育委员会设立了“宗教问题研究小组”，为政府处理宗教问题提供咨询。这是中央政府最早针对宗教问题设立的专门机构，它当时的主要任务是“调查研究天主教、基督教和佛教方面的情况和问题，并就有关方针、政策性问题提出意见”[7]。