此后，随着宗教内部政治运动的相继展开和不断深入，各宗教都出现了大量需要解决的具体问题，宗教问题成为党和政府需要经常面对的问题，建立常设的政府宗教行政管理机构显得十分必要。1951年1月9日，中共中央发出《关于设立宗教问题委员会及宗教事务处的指示》。根据这个指示，党内从中央到各分局设立了“宗教工作委员会”，由宣传部负责，作为党在宗教问题上大政方针的决策机构；在政府系统，将政务院文委“宗教问题研究小组”升级为“宗教事务处”，并于同年7月在各大行政区政府文教委员会内设立了宗教事务处，在省、自治区、直辖市及部分宗教问题比较突出的地级市、专署及县也设立了作为政府直属办事机构的宗教事务处。[8] 各级政府宗教管理机构从此由点到面，逐步增多。到1952年底，全国已有39个地方政府设立了宗教事务处，主要任务是指导各地基督教、天主教、佛教内部的政治运动，解决涉及宗教的各项急迫的政策性问题（例如处理接受美国津贴的文化教育、慈善救济与宗教团体的工作）。这时中央政府内虽然没有独立的宗教管理部门，但地方政府在处理宗教问题时实际上已经开始采用了政治手段与行政手段并用的方式。

    经过几年的实践，1954年11月，国务院在原来政务院文委宗教事务处的基础上，组建了国务院宗教事务局，业务范围是负责管理全国有关天主教、基督教和汉民族中佛教、道教方面的工作。1955年10月，中央批准了《国务院宗教事务局党组关于宗教工作的领导关系、组织机构和国务院宗教事务局业务范围的意见的报告》，对宗教问题的领导关系进行了调整和规范，明确规定关于天主教、基督教和汉族中的佛教、道教方面的工作，在党内统一由各级党委领导（党的宣传部门不再负责宗教工作的方针政策）；在政府内统一由各级宗教事务部门负责。涉及少数民族的宗教问题，由各级宗教事务部门和当地民族事务部门协同处理。
 
    1955年，中共中央和国务院要求各地进一步健全宗教工作机构，某些宗教工作的重点区、县也要设立宗教事务科。1957年，原来由国家民委负责的伊斯兰教工作也移交给了国务院宗教事务局。至此，在政府系统内，宗教行政管理体系初具规模，基本确立了由中央、省、地、县各级政府的宗教事务局、宗教事务处、宗教事务科组成的宗教分级行政管理体制网络，大量涉及宗教的事务被归口到宗教行政管理部门；各级政府宗教管理机构通过行政审查、行政批准的形式，对与宗教有关的一切事务进行系统地、全面地控制，控制的程序、方式、无需立法机关的授权，也不受其他权力的监督制衡；行政管理这只“看得见的手”成了党和政府处置宗教问题的主要方式，政治方式则成为辅助与补充（例如在某些宗教内开展反右运动、党的领导与参加政协的宗教代表的见面等）。

    3. 宗教管理体制的“中国特色”

    为了确保国家对宗教的控制与管理，中国与世界上其他采用“国家控制宗教型”政教关系模式的国家一样，在政府系统内设立了行政机构，通过行政手段实施对宗教的控制，但中国建立的宗教管理体制有自己的某些独到之处。

    (1) 双重设置。世界上大多数国家没有管理宗教的政府机构，国家行政部门不参与宗教管理。即使是前苏联和东欧等原“社会主义国家”对宗教的控制，也只有政府管理宗教的行政机构，在党的系统内并无专门负责宗教问题的机构设置。中国与前苏联及东欧国家的相同之处是采用了同样的“国家控制宗教型”政教关系模式；不同之处是党从未将宗教问题简单地视为是一个可以完全交给政府部门单独处置的行政工作，党没有放松在通过政府行政管理系统处理具体宗教问题的同时，亲自掌控宗教工作方向的努力。为此，在党的系统内部，从中央到地方的各级党委统战部门设立了研究宗教问题与宗教政策、与宗教领袖打交道、协调和指导政府系统处理宗教问题的职能部门。这种在党政两个系统内同时设立宗教工作机构的做法，看起来叠床架屋，但双重设置可以最大限度地保证党对宗教工作的领导。