1961年3月，中共中央统战部设立宗教处（文革后改处为局），负责调查研究有关宗教工作的重大方针政策问题并向中央提出政策建议，同时联络宗教上层人士。[9]地方各级统战部门也先后设立了负责宗教问题的相应机构。从此，中国的宗教管理工作开始了党政系统“双保险”的机构设置，一个是各级党的统战部门中的宗教工作机构，另一个是各级政府中的宗教管理机构。统战部门的宗教工作机构主要研究宗教方面的重大问题，协助中央和各级党委制定宗教工作的大政方针、把握政策方向、做好各级宗教领袖的“联络工作”，负责党政群各个系统宗教工作的协调统一；政府宗教工作机构主要是贯彻执行党的宗教政策，做好宗教管理工作，处理宗教管理中的具体问题。两个系统分工配合，强化了各级党政领导处理宗教问题的能力。为了从组织路线上确保党对宗教工作的领导，中央统战部宗教处与国务院宗教事务局实行“一套机构两块牌子”，中央统战部宗教处首任处长兼国务院宗教事务局局长。1966年文革开始后，各级政府宗教局名存实亡，1975年国务院宗教事务局被正式撤销。1979年，国务院宗教局恢复设立后，虽然不再与中央统战部的宗教局是“一套机构两块牌子”，但从国务院宗教事务局到国家宗教事务局的历任局长都来自中央统战部。国务院宗教局长的任职背景清楚地表明了党在组织上对政府宗教工作的高度重视和对政府宗教工作大方向的控制。这是党为了保证单独或同时依靠政治手段与行政手段处理宗教问题时能够更好地在不同系统中进行协调，减少联合行动的阻力，最大限度地使用政治资源与行政资源的必要措施。