从关注自我统治的自然哲学转向旨在统治世界的自然哲学，与新教注重“积极生活”和对职业（vocation）的新的理解有关。西方传统中长期存在着积极生活（vita activa）与沉思生活（vita contemplativa）的区分。中世纪的基督教思想家基本上赞同古典看法，认为沉思生活高于积极生活。因此，包括自然哲学在内的哲学活动基本上不涉及功利主义的考虑。在文艺复兴时期，这种讨论重新开始，起初是在政治哲学的语境下，一些人文主义作家主张积极生活具有优先性。新教改革家们也质疑沉思生活的优越性，尽管是出于不同的理由。路德坚称，真正的基督徒应当避免模仿那些在他看来躲进角落或与世隔绝的修士。他敦促基督徒“使用”这个世界：“建房，购买，与同伴打交道，共同从事各种世俗事务。”加尔文也主张，基督徒在现世应当致力于“功用”“收益”和“好处”，从而有助于构建共同体。加尔文坚信，对于基督徒来说，要想改造和革新社会，就要认真从事有用的世俗事务。对《创世记》前几章的解读和对原始无罪状态下亚当活动的重建再次为这种观点提供了重要支持。在宗教改革家看来，亚当在伊甸园里的劳作暗示，实际的事功（work）是神对人类的原始规划的一部分。路德直截了当地说：“人被创造出来不是为了闲暇，而是为了事功，甚至在无罪状态下也是如此。”加尔文在对《创世记》2：15的解释中也指出：“神把那人放入伊甸园去装点它和保有它”，“人被创造出来是为了投身于某种事功，而不是躺下来无所事事、百无聊赖。”这种对积极生活的倡导与天主教的忠告以及“当今的修士认为闲散是其神圣性的主要部分”形成了鲜明对照。
加尔文关于事功内在价值的教导早已为那些希望追随马克斯·韦伯主张新教“伦理”与现代资本主义的兴起有关的人提供了养料。无论这些论点有何可取之处，不难看出它们也能在一种聚焦于功用和积极投身于自然界的新科学观中发挥作用。正如开始时所说，在整个中世纪和现代早期，正规的自然研究主要属于“自然哲学”范围。作为一种哲学事业，它在很大程度上关注的是或可称为“灵性培养”的传统目标。自然哲学没有也不追求实际用处。自然哲学的这个特点引来了弗朗西斯·培根等科学改革家的嘲笑，培根强烈主张，应使自然研究远离沉思和个人教化的传统目标，转向恢复人对自然的统治这一实际任务。培根坚持认为，追求知识“不是为了坚毅的宁静，而是为了（在很大程度上）恢复和重新赋予人……在受造之初所拥有的统治和权力”。因此，培根的自然研究纲领要求作彻底的重新定位，从自我统治这一哲学目标转向统治自然界以产生实际的利益。
对积极生活的提升与路德派、加尔文派认为尘世职业是神圣的相辅相成。路德特别忧虑这样一种观念：祭司职位代表着一个地位高于平信徒的宗教阶层。他主张：“所有基督徒都属于灵性阶层，他们之间除职务以外没有任何区别。”这种教义后来被称为“信徒皆祭司”，得到了加尔文等人的强力支持。祭司阶层与平信徒阶层之间的重大区分被废除，为一种新的宗教职业开辟了可能性，即自然研究可以被视为一种祭司活动。科学家作为祭司，这种观念将成为十七世纪新教自然哲学家的一个常见主题。例如，约翰内斯·开普勒最初在图宾根学习神学，旨在成为一名路德派牧师，但后来他意识到了科学职业的神圣性：“我希望成为一个神学家；很长一段时间以来，我感到烦恼不安，但我现在看到，神也通过我的天文学工作而得到赞美。”同样，现代化学的奠基人之一和实验方法的先驱者罗伯特·波义耳（Robert Boyle，1627-1691）也谈到了科学研究者的祭司角色。他提出世界是神的“圣殿”，这样便给予了自然研究者的祭司职业以合法性。他指出，“几乎所有宗教的哲学家都通过沉思世界而认为世界是一座圣殿”，并声称自然研究是“宗教的序幕，在所有宗教中都必不可少”。（这基于亚当为伊甸园中的野兽命名的故事。）因此，自然哲学是“对神的哲学崇拜”。真正的祭司职务不在于主持宗教仪式，而在于显示美妙的自然设计：“相比于在神的祭坛上献祭或焚香，发现造物之中显示的神的完美性是更值得接受的宗教行为。”认为自然哲学是一种与祭司职业具有同等价值的宗教活动，这种想法不仅对于建立其社会合法性很重要，而且也是开普勒和波义耳等自认为献身于一种宗教使命的人的动机来源。新科学的这个职业维度加强了培根关于科学作为一种救赎性事业的观念。
我们一直在讨论的对新科学的神学辩护的一个重要特征是，新科学依赖于特定的《圣经》根据。正如我们所看到的，有些思想家试图从《圣经》经文中直接引出新的科学学说。更重要的是，《圣经》被用来支持一种新的科学实验框架，包括新的实践导向和考证方法。《圣经》中的亚当形象，以及他的无罪状态与堕落状态的对比，在诉诸《圣经》时尤为重要。当然，诉诸《圣经》权威的一个理由是新教的“唯独圣经”原则。但新教对《圣经》的处理的相关特征对于新科学来说也很重要，其中最重要的是对《圣经》字面意义或历史意义的强调。
教父的和中世纪的解经家习惯于对《圣经》做出寓意（allegorical）解读。虽然我们有时以为寓意过程是赋予语词以几种不同的含义，但事实上，寓意的逻辑是这样的：在对《圣经》的字面解读中，一个词指涉一个事物；而在对《圣经》的寓意解读中，一个事物指涉其他事物。因此，寓意解读依赖于自然物有含义这样一个假设，当《圣经》提到这些自然物时，我们应当思考它们更深的神学含义。换句话说，寓意不仅涉及书面文字，而且会影响我们对自然物的理解。十三世纪的托马斯·阿奎那这样写道：“《圣经》由神所造，藉着神的能力，《圣经》能够表明神的意思，不仅通过语词……，而且通过事物本身。”阿奎那继续说，多重含义并不存在于《圣经》的语词中，而是存在于神赋予了这些含义的物体中：“这些含义的多重性不会导致模糊不清或任何其他种类的多重性，因为这些含义之所以有多重，并非因为同一个语词可以指称若干个事物，而是因为语词所指的事物本身可以是其他种类的事物。”认为自然能以这种方式去“阅读”，这种观念支撑着中世纪的一种常识看法，即自然是一本可以与《圣经》并行阅读的“书”。简而言之，寓意活动将阅读自然之书与阅读《圣经》之书结合在了一起。因此，改变寓意解经的地位必然会影响对自然的理解。
事实证明，新教改革家们对寓意诠释持非常批判的态度。路德认为，字面意义是“最好、最强大的意义”，经文应以“其最简单的含义”来诠释。他轻蔑地说，寓意是给“虚弱的心灵”准备的。加尔文也指责那些认为“圣经是丰富的，因此有多重含义”的人，坚称“《圣经》的真实含义是自然而简单的”。虽然路德和加尔文主要感兴趣的是字面意义可以巩固《圣经》的权威和“唯独圣经”的原则，但他们对寓意的攻击必然会影响对自然的理解，因为否认寓意就是否认自然物的神学含义在于其象征含义。新教的另一些特征也为象征含义的消亡做出了贡献——破坏圣像，谴责偶像崇拜，圣礼数量的减少，以及崇拜重心从图像和仪式转向语词。这些发展连同对寓意的批判，都促进了中世纪的象征世界观以及刘易斯（C. S. Lewis）在《被弃的意象》（The Discarded Image）中所说的“单一、复杂、和谐的心灵宇宙模型”的瓦解。
一个去除了象征性神学含义的宇宙使人们能以不同的方式去组织自然界并重新赋予它以宗教含义。前已指出，这样做的一种途径是把自然看成一个要通过重新确立人的统治来救赎和恢复的对象。世界现在不再是一个供人消极沉思的场所，而是一个救赎过程的发生地，通过这个过程，人的统治会使它有益于人的物质福利。对《圣经》字面意义的强调加强了这种转变，就《创世记》中的创世叙事而言，是把注意力集中在亚当作为一个真实历史人物的意义上。在寓意解读中，伊甸园被认为象征着天堂或灵魂，伊甸园的果实被认为是灵性的果实。根据这种解读，亚当“对伊甸园的培育”可以内化和理解为“灵性培养”。因此，他对野兽的统治也被解释为对其兽性激情的统治（这种统治在他堕落时失去了）。这种对解读的规定与重新建立理性对激情的内在统治这一道德目标有关。伴随着对这种叙事的字面解读，出现了一种对统治自然界的更为字面的理解。弥补堕落所造成的损失现在要求有效地使用一种科学，它试图使自然回到一种原初的顺服状态，为了人类的物质需求而自然而然地给出慷慨馈赠。这便是所谓的培根计划（Baconian project），它为十七世纪的一些科学规划绘制了蓝图。
自然哲学不仅能发现造物的实际用途和有助于重建业已失去的对自然的统治，还能无比详细地说明神在自然界的运作和设计中所彰显的智慧和力量。即使自然不再能以象征的方式传递出神学真理，它仍然可以通过自然科学的发现，来为神的本性的某些方面提供间接证据。要知道，在十七至十九世纪非常典型的自然神学与科学的强大联盟，并不像有时认为的那样是延续了强大的中世纪传统。恰恰相反，这是一种全新的活动，它被发展出来是为了取代一种业已失去的、在某种意义上更为丰富的从自然中解读出神学含义的方式。在十三世纪，波那文图拉（Bonaventure，1221-1274）会声称“受造的世界就像一本书，创造性的三位一体反映、呈现和书写于其中”。而到了十七世纪，弗朗西斯·培根则反对说，神的作品“显示了造物主的全能和智慧，但不是他的形象”。这一时期的物理神学（physico-theology）涉及神学与科学的一种新的伙伴关系，它从寓意中接管了为自然提供神学解释的角色。这可见于对“自然之书”隐喻的重新利用，现在不是出现在神学家和释经家的作品中，而是出现在自然哲学家和自然志家的作品中。比如开普勒和伽利略主张，数学为解释自然之书提供了钥匙。在罗伯特·波义耳看来，生理学为理解造物提供了一种方式。
总而言之，新教改革家所倡导的对《圣经》的字面解读主要以两种方式对新科学的发展很重要：首先，它加速了中世纪象征宇宙的瓦解，为理解和组织自然界的其他方式开辟了空间，与自然神学结盟的实验自然哲学渐渐占领了这个空间；其次，现在完全以字面意义来理解的、关于创世与堕落的《创世记》叙事激励了科学活动，后者渐渐被理解为一种能够恢复自然和让人类统治自然的救赎过程。
最后，我们需要考虑在新教改革之后，自然科学为何变得越来越重要和越来越具有认知上的权威性。要知道，现代科学在刚刚兴起时并不是自证为真的（self-authenticating），就像加尔文说《圣经》是自证为真的那样。相反，新科学常常颇受质疑或嘲笑。实验科学的不稳固地位意味着其倡导者需要付出巨大的努力来确立这一新兴事业在知识上的权威性和有用性。在这种背景下，自然哲学与自然神学达成伙伴关系对于确立新科学的宗教凭据至关重要，并且为新科学提供了急需的社会合法性。自然科学之所以能够成为现代西方的一项主流活动，原因之一就在于它通过与自然神学结盟而得到了这种初始激励。
至少在开始的时候，宗教也促进了这种新伙伴关系的达成。新教改革引出了宗教多元论这个尖锐问题。困境在于如何判定真宗教，因为每一种宗教的倡导者都坚称只有一种宗教即他们自己的宗教是真的，并提出论证来支持自己。当然，另一种选择是没有宗教是真的。因此，无神论的威胁——无论实际的还是想象的——是这一时期大多数宗教文献的一个持久特征。在这种背景下，自然科学与自然神学的联盟成为一种抵御不虔敬和无信仰的有效预防措施，并且为一般宗教的真理性提供了可靠证据。此外，新的自然研究所提供的种种证据据说远比托马斯·斯普拉特（Thomas Sprat）主教所说的“无知者的盲目称许”更为强大。事实上，依赖于设计的经验证据（目的论论证或物理-神学论证）通常被认为优于更为哲学和“思辨”的论证（本体论论证和宇宙学论证）。简而言之，科学被认为以一种特别强有力的方式为神的智慧和力量提供了证据，而且这种支持正当其时。
虔诚的自然哲学家进一步指出，他们的事业可以确立基督教甚至是特定基督教信条的真理性。正如罗伯特·波义耳所言，“新哲学可以为捍卫我们最古老的信条提供新的武器”。他还在其他地方主张，做“复杂而费力的实验”更能使人发现“可靠的论据来支持自然的或启示的宗教……无论那些真理与世俗的理解可能相距多么遥远”。圣公会牧师也是皇家学会会员的约瑟夫·格兰维尔（Joseph Glanvill）也认为，新哲学帮助确立了“《圣经》历史的不可错的真理，使之像几何学或自然中的任何东西一样牢不可破”。这些论据往往基于一种信念，即《圣经》中讲述的某些事件的发生（如挪亚洪水）得到了当时自然哲学发现的证实。更具体地说，新教自然哲学家认为，自然哲学能使人在相互竞争的基督教认信之间做出更加明智的选择。这是因为据说，自然哲学家更有能力评价为特定信念提供外部支持的相关证词和证据。波义耳因此声称，实验自然哲学家“比普通人更能严格而熟练地考察，据说表明了一种启示宗教的超自然的神迹、预言或其他证据”。
接着，宗教改革之后的认信之争（confessional controversy）为自然哲学提供了新的背景和任务。现在存在着从极端的无神论到更激进的新教教派的各种宗教可能性，“迷信”和轻信的天主教，以及更为清醒但同样成问题的自然神论处于中间的某个地方。自然哲学的支持者认为，他们的事业提供了一条途径，使人们可以就这些可能性进行协商并到达正确的地方。约瑟夫·格兰维尔在为一种有助于和平的英国国教教义辩护时称：“了解自然能够帮助宗教抵御其最大的敌人，即无神论、撒都该主义、迷信、狂热和争论。”新自然哲学的独特优点在于，它不仅为作出相关判断提供了恰当的专门知识，而且公正无私、不偏不倚。实验哲学家最适合评价神学说法的优劣，因为他不会“像通常那样受到偏袒的诱惑”，不像神职人员那样可能被指责为“有利害关系的无能裁判”。因此在“证据”时代——它本身是新教改革以后宗教多元论的一个结果——自然科学渐渐提供了一个“中性的”认知空间，可以评价相互竞争的“诸宗教”的相对优劣。权威性朝着自然科学的逐渐转移将会产生重大后果，不仅巩固了自然科学的认知权威，而且为自然科学后来拥有宗教曾经享有的社会地位创造了条件。
菲利普·普尔曼（Philip Pullman）的《黑暗物质》（His Dark Materials）三部曲建立在对一个世界的奇妙想象之上，这个世界在许多方面与我们的世界类似，但至少在一个关键方面是不同的——那里没有发生过新教改革。这个世界的确有它自己的科学（或“实验神学”），但那种科学的独特特征促使我们反思，倘若十六世纪欧洲的宗教动荡不是以当时的方式发生的，科学发展可能会走不同的道路。不幸的是，在第三卷结尾，普尔曼突兀的反宗教偏见压垮了其三部曲的前提；但这些著作的确提醒我们，科学在西方的兴起没有任何不可避免之处。科学并不是按照某种不可阻挡的内在逻辑在历史中发展的，一个原因就是，“科学”本身的组成部分并非历史常量。西方科学完全可能是不同的样子，即使其内容是相同的，它在社会中的地位和价值也可能有所不同。它之所以是现在这个样子，部分原因在于偶然的宗教因素，其中包括新教改革及其不可预见的后果。当然，影响线索非常复杂，而且往往是间接或无意的。但我始终认为，现代科学的方法、理论内容和社会意义在某种意义上都得益于新教。
尽管如此，我们还是应当听听最先提请人们注意宗教改革与科学改革之间联系的新教人物发出的最后警示。起初是一个新教的历史版本试图将新教与理性和进步联系起来，并将天主教与迷信、书籍审查制度和科学落后联系起来。这种新教的事件版本与提出了类似历史观的进步主义启蒙叙事天然为伴。然而到了十九世纪末，这种反天主教的宣传已经扩展到对基督教与科学之间关系的一般历史批判。这个时候出现了我们现在所熟知的“冲突神话”，它几乎不对各种不同的宗教形态加以区分，而是径直断言科学与宗教之间的持续斗争是西方历史的典型特征。具有讽刺意味的是，近年来科学史家们着力破除的这种冲突神话，在很大程度上得益于新教护教士最初对其自身历史的构建。在某种意义上，科学启蒙的一些当代倡导者对宗教的憎恨只是这种“新教”立场的一个极端版本罢了。另一个讽刺是，科学与新教在现代早期达成的伙伴关系最终以另一种方式削弱了宗教的权威性。在似乎无法解决的宗教纷争的背景下，罗伯特·波义耳等新自然哲学的虔诚倡导者将权威让予了据说中性的第三方——自然哲学，从而为一种渐渐通过需要科学支持的命题来理解的基督教提供证据基础。就这样，科学渐渐占据了宗教的上风，自那以后再没有显示出让出这种地位的迹象。
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