基督教新教的教会体制的神学院原理，来自马丁.路德和加尔文的改教思想。路德关于“唯独圣经（sola scripta）、因信称义及信者皆祭司”的改教原则，确定了他与罗马天主教不同的教义体系。而对教会论的不同定义，确定了新教不同于罗马教会的教会教政体制。天主教以彼得为教会的根基，而新教则认为彼得所宣信的“耶稣是基督，是永生神的儿子”为教会信仰的基石（太16：16；可8：29）。前者强调的是天主教对使徒教会组织上的承接，即彼得为罗马教会的第一任主教，以此代代相传形成所谓主教制的使徒统绪。而新教则认为教会对使徒之信仰教训的承继才是信仰的根基，才是教会的圣而公原则。
路德和加尔文对“教会”都有相似的定义：
路德说：“哪里你能够听到和看见上帝圣言得以宣讲、认信和践行，毫无疑问，那里一定是真正的‘圣而公之教会’之所在（Ecclesia sancta Catholica）”1。
加尔文说：“只要上帝的圣言得到纯正的宣讲和听证，诸般基督亲设的圣礼得以实施，那里毫无疑问地就是教会之所在。”2
由于与天主教不同的教会论，新教产生了类似使徒教会的完全不同于天主教的新教教政体制。基督教新教总体而言有三种教会体制：主教制、长老制和公理制，一些教派实行混合性的制度。3
3.1.主教制Episcopal system/ Hierarchical Episcopacy
主教制是基督宗教中最古老的制度。教会中最高的权威为大主教、主教和会督。[1]4天主教和东正教有三级圣品，主教下设司铎和执事，形成以主教为首的阶级制度。
教会按地域划分教区，教区的主教主管其内一切行政和教务工作。实行主教制的基督教会主要包括天主教、东正教及东部其它较小古老公教会、基督新教的圣公宗和北欧路德宗公教会等。
基督新教实行的主教制度源自天主教，不同的主要是基督新教的主教可以结婚。主教制之所以会在英国的基督教新教中产生，还源于英国的政治而非基督教信仰。英国天主教很早便受制于英国君主的摆布，当英国那些强有力的君主在位时，英国主教大都由国王叙任，连那些直接由教宗任命的主教，也是事先取得了国王同意的5。当时的欧洲人在人本主义和早期启蒙思想的影响下，民族意识逐渐觉醒，特别是英国人有极强的“国家意识”——“让英国人治理英国人”6，使得大多数英国人不愿再受制于罗马教廷的指手画脚，我们不要忘了，当时的英国、西班牙等一系列原罗马分裂出来的国家，他们的国王都需要来自教廷的加冕。就在这种民族情绪下，亨利八世利用其政治手腕，攫取了英国国王之位。亨利八世（Henry VIII）是一个极有魅力和政治手腕的暴君，属于那种即使没有任何职位，站在众人当中也能当领袖的人物。他的性格使其不可能受制于罗马教廷的指挥棒。亨利八世早年出于政治需要，于1521年发表了《确信七件圣礼论》Assertion of the Seven Sacraments’）来反对路德，亨利八世因此获得教皇利欧十世封为“信仰维护者”。亨利八世登基之初，政治联姻，娶了西班牙国王斐迪南与王后伊沙波拉之公主，亚拉冈（Aragon）的迦他林为王后。迦他林当时其实已经在名义上与她的哥哥亚瑟（Arthor）结过婚。从法理上，特别是当时教廷的规矩上，这种婚姻并不合法。但摄于教廷在英国利益的考虑，罗马教廷教宗犹流二世还是于1503年正式批准了亨利八世的婚姻。
婚后迦他林为亨利八世生下6个儿女，但只有玛利亚一位得以长大成人。因此，亨利八世一直无子可以继承王位。
大约到了1527年亨利八世已经和宫内女官波麟安（Anne Boleyn）有了外遇。也许是出于想另娶妻生子，也许还有其他考虑，亨利八世铁了心要跟迦他林离婚。并以信仰为由，宣布其与迦他林的婚姻无效。但迦他林为了维护自己的尊严，虽受尽亨利八世折磨，依旧不肯离婚，而西班牙继位的查理也决计不让其姑母迦他林被废黜。当时的查理势力很大，教廷出于自己的利益考虑，最终没有许可亨利八世废黜婚约。但亨利八世还是利用国内的民族情绪，对教廷实施了一系列“惩罚”后7，于1533年1月25日与波麟安私下结婚。并强迫英国法庭正式判决亨利与迦他林的婚姻无效。9月7日，波麟安生下一个女儿，这就后来著名的英国第一大女王伊丽莎白。教宗革利免七世于1533年7月11日准备了一道教谕，威胁革除亨利八世教籍。而针锋相对，亨利通过国家立法，宣布英国与教宗脱离关系8。但宗教教制上，亨利依旧使英国延续了罗马教廷的一切制度，于1531年，他强迫教士会议宣布，就英国教会而言，亨利八世就是“至高无上的主，而且照基督的律法所准许，也是教会最高的元首”9。至此，亨利八世的独裁达到了顶峰，他也不可能容忍该教思想关于人人平等：圣经是唯一权威、因信称义、信徒皆祭司的教义。由此，英国教会在行政上脱离了罗马教廷，而为了延续政权的独裁，亨利使英国教会产生了既不隶属罗马教廷，也不接受该教思想的英国国教会，即圣公会。圣公会保留了主教制政体，但首席权不再是罗马教宗，而是英国国王自己10，并由此产生了所谓新教的主教制11。
在亨利八世的年代，英国教会其实已经形成了天主教旧势力、受加尔文影响的新教教会，特别是后来的清教徒以及圣公会三大派系。德国和西班牙的该教引起了多年的战争，而亨利的继任者，其女儿英国国王的伊丽莎白女王为了稳定国内局势而采取了广泛性、国民性即综合性的教会观12，希望各派能达成一个心照不宣的、妥协下的平和。从某种程度上看，伊丽莎白成功了，但这种掩饰差距下的妥协在当时尚无包容性的宗教情怀下，进行的相当不容易。结果新教派妥协等一系列事件得罪了罗马教廷。1570年罗马教廷随颁布教谕，宣布革除伊丽莎白教籍，废黜她的王位13。使得这位平不热衷信仰的女王不得不依靠国内的民族情绪和新教教派的支持，而又要保持自己的独裁统治，因而进一步促成了妥协下的英国教派圣公会的壮大。并逐渐形成其主教制的教会教政体制。
后来随着传教运动及日不落帝国的扩张，圣公会的主教制政体得以传到世界各地，比如，中国及曾经是英国殖民地的香港。但时过境迁，今天的圣公会主教制，已经与亨利时代的主教制有了不少改变，而称为新教教会的一大教制之一。
现基督新教中，实行主教制的教会只占少数。完全实行主教制的新教宗派只有普世圣公宗；而信义宗和韦斯利宗则由各区会自行选择使用主教制还是长老制14。
对于新教三种基本的教制，主教制是在圣经神学的依据上受到质疑最多的教制。对此，托马斯.史密斯牧师有这样的评述：使徒统绪这种主教制使徒统绪的教义，教训人们说：基督已将所有权柄都托付给了祂的使徒们，并让这些使徒们将权柄托付给出于亲手相传，永不中断的统绪中的众主教；这些主教乃是一切属灵恩典与权威的源头；唯独他们才有权柄设立其它牧师；没有他们，就不可能有任何合法的教牧；唯独他们才具有圣灵的恩赐，也唯独他们才能赐下圣灵的恩赐；没有他们，各样教训和圣礼都是枉然、骗人的，没有基督所应许的福分15。
主教制，教会由某个大主教、监督主教或主教会议控制。在天主教教会里，罗马教廷的体制赋予教皇以绝对的权柄，教会的其它高级官员，如枢机主教、红衣主教和主教，都由教皇亲自任命。这种较为专断的教会治理形态在维护其历史的延续性、调动与协调其人力、物力的资源、把握住教义的纯洁性和圣职人员的行为尺度一事上，明显具有优势。由于这种教阶制的教会治理模式强调权力的高度集中，其运作在很大程度上取决于领袖的个人素质。在好的教会领袖的带动下，教会的属灵光景会蒸蒸日上，攀登新的高峰；而不好的教会领袖则很容易致使教会走向腐败和堕落。
但基于中国国民性而言，主教制在某些方面达致的教会领袖的权威，教会的统一性，教会统一性与外界对话的能力，依旧有我们教会建制的参考价值。
3.2.长老制Presbyterianism / Presbyterian system
在新教教会的体制里面，就对世俗世界和历史影响而言，长老制可谓第一16。
长老制（或称代议制、议会制）由约翰·加尔文所提倡，是《新约圣经》提及的职衔。主张教会是由信徒群众所组成，是一个以议会形式管理地区教会的制度。17 议会内的成员由各分堂选出长老，代表该堂出席会议。在堂会中设牧师、教师、执事和长老，共同处理教会事务。归正宗和长老会都实行长老制，而有些实行长老制的教会所实行的长老制具体规章则有所不同。
加尔文认为，凡圣经所称为“监督（即主教）、长老和牧师”者，在灵性方面根本是居于平等地位：“这些字都是意义相同的”18。因此，长老会的教制是建立在一个以圣经的文本教导为依据，圣经是唯一权威（sola scripta）、信者皆祭司及因信称义的基础上的教制。强调教会内的地位人人平等、治理而非管理。反对神话教职人员，强调教职人员的属灵权柄（power）而非权力（authority）。他们“不认为教会是权威传统的解释者和保护者。他们要每一个牧区有一位热心的、属灵的、善于讲道的牧师。他们特别反对牧师的制服，以为这种服装是要在一般教友心中留下一种影响，把教会受职人员看作灵性上的特殊阶级，职掌特别权柄，与一切信徒均为祭司的观念矛盾。19”长老制以制度性的规定削弱了一位不称职的受职人员在教会中权威独断的可能性。但既然规定“每一个牧区有一位热心的、属灵的、善于讲道的牧师”，就界定了受职人员其实已经在灵性、品格和个人能力上成为“能服众”的教会领袖。就像加尔文在日内瓦和瑞士的工作，他以长老制体制上的界定限制了教会受职人员，包括他自己的行政权力，杜绝了圣职人员独断专权的可能。但其本人和一切有能力的教职人员一样，这种权力的限制并没有削弱他们在教会和社会中的威望和影响力。因为长老制继承了奥古斯丁的神学原理，认为人性是完全堕落的20，因此，人性人必须在制约中才可能不至使不受约束的权力堕落泛滥。这一点后来构成了伊丽莎白女王时代产生的英国清教徒的信仰和政治理念21，也奠定了了美国立国者制定宪法的基础理念。
对此，金陵协和神学院王艾明副院长在其《论新教教会的基本结构》一文中有深刻的评述，我们不妨借鉴如下：
“新教教会的长老制一般可分为两种理解：一是指经加尔文主义创建的教会，依照加尔文教会理念和制度构建的教会体制。如首先采用长老会教制的是苏格兰该教领袖，加尔文的挚友，诺克斯（John Knox）。长老会之名，由他创设的教会得名。依照加尔文在日内瓦建立归正宗教会的组织体制和教务功能所形成的教政模式，一般又被称为‘长老－议会制政体’（Presbytero－synodal polity）。即通过教会全体代表大会选举出来有德行和威望的人，担任长老会议或院（college）成员，并以集体的形式主持教会行政权力机构。这样的模式中，长老院的权力相当于集体召集人，但必须受制于议会会议（synod）。22”
“从今天的教会教制研究来看，第二种，加尔文归正宗教制几乎成为现代西方法治和民主系统里各大宗派的教会组织必须采纳或自然而然采纳的制度。它在西方特定的公民社会结构中，对良好政府结构的依存，几乎将五百年前小小日内瓦共和国之最优秀政教关系模式进行了法律化的定制。或者说，它是教会民主办教的典范。23”
加尔文的归正宗教制模式有效地制约了个人权力的独裁专制。在这种模式中，任何教会权力都必须受到约束和相互的制约，因为长老制的教会论和人论基础是信者皆祭司，人人平等，因此，受职人员并未超越他人的特权。在任何它拒绝任何形式的个人教主式专权，更不能接受以上帝的名义实施集权，或在教义和教纪上不受约束。长老的权力是教会组织成员集体权力的体现，教会议会依照程序和教律有权监督和制约包括长老在内的一切权力24。
长老制的基本体制结构和原理是：长老分为“教导性长老”（the teaching elder）和“治理性长老”（the ruling elder），前者通称为“牧师”（pastor），后者通称为“治理长老”。这一点符合使徒教会时期，使徒们制定的教会体制原则：“我们撇下 神的道去管理饭食原是不合宜的。所以弟兄们，当从你们中间选出七个有好名声、被圣灵充满、智慧充足的人，我们就派他们管理这事。但我们要专心以祈祷传道为事。”（徒6：2－4）——教牧和行政分开！但教会的权力依旧以牧养牧师为主，因为教会的体制基础来自神学上的教会论。因此信仰和神学比体制的形式结构更重要。
在英文中“Christianminister”或“minister”一词，也是指“牧师”，在一般情况下就直接译为“牧师”，有时为了区别，则翻译为“主仆”。“监督”（bishop）一词，在现代英文中，那些主张主教制的人士把这个词翻译为“主教”，在中文和合本中一概翻译为“监督”。从《圣经》一贯启示来看，“监督”与“长老”具有同一性，乃是同一个职分，只是从不同角度称呼教牧职分，所以，bishop绝不是处于其它长老或牧师之上的“主教”。因此，我们坚持用和合本译法，把这个词翻译为“监督”。但是，当这个词用于指罗马天主教或英国圣公会中的圣职时，则翻译为“主教”。同时，在长老制教会的治理架构中，区会也被称为是“长老会”（presbytery），牧师还被称为“presbyter”,这个词直译就是“长老”，但是根据威斯敏斯德会议的立场，治理长老虽然也是长老会的参与者，并不是“presbyter”，只有牧师，也就是教导性长老才被称为“presbyter”，因此，我们把这个词翻译为“牧长”25。
在今天人们所熟知的教派中，教会最为接近新约模式的恐怕要算长老会了。概括而言，长老会的体制是：各地方性的长老会有一个包括牧师、负责教导人和管理的众长老组成的“执行理事会”；这些长老们负责管理教会的宗教生活。
基层的长老会里还有一个执事会，执事们负责照管着教会的日常事务，包括供给穷人和有需求的人、管理饭食等。
基层长老会享受着自治权，但各个教会的长老们所构成的地区“教务评议会”负责审核该地区教会牧师的资格。
长老会的“全国总议会”负责处理信经教义方面的重大问题和疑难，并协调整个教会的宣道、教育和出版等项目。
形成如下关系：
全国总议会——负责教义问题；
地区性的教务评议会——有权审核下属教会牧师资格；
基层执事会——教会日常事务管理；
地方执事理事会——完成整个教会的牧会和管理工作。
新约圣经提到使徒时代，不同地域的教会共设立了“使徒、先知、教师、牧师和传道”五种不同职分（弗4:11）。长老会并不包括这其中的所有职分。这一点常常会受到一些反对者的质疑。但，圣经中保罗给出的这五个职分，并不一定会完全出现在同一个教会里，他们之间的分工也很难清晰地分开来。他们可能出现在不同的教会里，职分的称谓不同，但所表达的涵义并无本质的区别。长老会的治理形态往往能在基层教会的自治和教派领袖监督管理之间找到一个很好的平衡点。这种形态的教会治理给予了基层教会成员极大的自由，对堂会的民主管理是一个比较理想的实践。因此，长老制依旧体现出它是一个比较成功的体制，有诸多我们建制可以借鉴的地方。
长老制的最大优点是其体制的构建直接来自圣经的教导，体现了圣经神学之教会论在教会治理体制上的作用。而且它有效规束了个人权力的独断，有利于优秀的教牧人员在教会中的产生和民主体制的建立，藉着教牧人员权柄和威望及一套共同参与的体制基础，避免了教会的涣散和无组织主义的产生。提高了教会信徒的参与热情，这也就是为什么选择了长老制的教会会比较少出问题，而且比较复兴和福音化（evangelism）的原因。当今中国教会在思考构建一个优秀的教会体制，我们首先需要藉着神学思想建设这一运动推动中国教会立足圣经和改教精神的教会论的思考，并以此作为我们构建中国教会教政体制的基石，而长老制应该是我们参考的主要资源之一。
3.3.公理制Congregationalism26.
公理制（Congregational Church又称会众制）由罗伯特·布朗（Robert Browne，1550－1630）所提倡。勃朗於1582年著书宣传建立独立于国教的自治教会，不赞成设立统管各教会的上级领导机构（教区制度），仅允许设立各教会自由参加的联谊性机构。全体信徒对教会事务行使平等权力，民主选举执事，聘任牧师。發展不久，便形成稱為公理会的新宗派。
当时英国的政治对改教思想颇为不利，亨利八世（Henry viii）由于离婚问题建立的圣公会制度，很快在追求王权的独裁者手中变成了国教。27国王成了教会的元首，政治与教会（Church and State）完全勾结28，国教会的腐败可想而知。造成英国教会包括圣公会内部诚实的基督徒的强烈不满。
罗伯特.布朗完全接受加尔文的改教思想，和大多数民众一样，基于信仰的良知对英国教会信仰和体制不能接受，也完全失望。他看到教会无法建立起一套加尔文在日内瓦建立的长老制归正宗体系。基于当时的政治社会环境考虑，布朗主张建立一个政教完全分离，每个堂区教会完全自治和独立于任何组织形式的机构，完全由公会集体行使其教会的自治权29。堂会有独立主权，基督才是会众元首。30堂会的主任牧师为教会内最高的决策者，由信徒民主选聘。教会一切内部事务由会众决议，具体制度和礼仪也由会众厘定。31公理会的信仰比较自由化，强调个人信仰自由，尊重个人理解上的差异。
当时的英国女王伊丽莎白一世迫害非国教派别，布朗主张建立的公理制教会与当时的清教徒（Puritan）联合。1630年勃朗被处死，不少公理会成员逃亡荷兰。1620年，102名流亡者乘五月花号帆船抵达北美新英格兰地区。并建立了第一个北美的浸会和公理制教会。同时他们也是美国的先驱，藉着对外宣教，公理制得以广传而成为新教三大教制之一32。其后，新英格兰地区建立了6个以公理会为官方宗教的殖民地，分別是在马萨诸塞（Massachusetts）、康涅狄格（Connecticut）、新罕布什尔（New Hampshire）、佛蒙特（Vermont）、缅因（Mane）、罗得岛（Rhode Island）。
按公理制教制，教职人员须经过所在教会信徒集体讨论决定聘用而任职，教会行政权力在堂会。公理制没有主教制和长老制的“上级”管理机构。各堂会之间完全独立，自愿联谊，实现圣徒相通，没有专门的组织来管理各地方堂会。这一点类似彼得时代的新约教会。教牧人员的威望来自其个人人格魅力和布道能力，而非教会的行政权力。相比而言，公理制最为灵活自由，回归信仰的真义，也因而使其在近代的海外宣教中，成为最成功的一个教制体系。
现在美国的许多福音派教会以及华人教会，基本都采用相对自治的公理制政体。33很多历史比较新的教会也采用公理制，例如浸信会、公理会、神召会、贵格会以及不少独立教会。一些公理制的教会自愿在地区上组成一个无领导和从属关系的联会，以联系该宗派的和分堂。
公理会于1810年成立了美部会（American Board of Commissioners for Foreign Missions）。成为当时颇有成就的宣教组织，1830年2月25日，裨治文（Elijah Coleman Bridgman, 1801－1861）和雅裨理（David Abeel ）到达广州，美部会是美国第一个来华的差会。在华颇有建树的公理会宣教士及教会人士还有：裨治文（Elijah Coleman Bridgman,1801－1861）、伯驾(P.Parker,1804-1889)、卫三畏(Samuel Wells Williams,1812-1884)、雅裨理（David Abeel ）、明恩溥(Arthur H. Smith，1845-1942)、梅子明（William Scott Ament，1851-）、谭沃心（1888—1986）等等。现存广州的光孝堂前身就是公理会教会34。
其它的教派，尤其是浸信会和多数独立教会，均采纳了公理会的管理制度。所有的权力都归属于基层的会众，并经由会众民主选举，产生执事管理委员会和招聘堂会牧师，通常有指定的理事专门负责教会的管理。
当然，和所有体制一样，公理制也有一个缺点，就是常常造成教会之间的交往和合作愈来愈少，难以凝聚不同地域间教会的集体力量，不利用教会资源的整合，甚至会使一些教会脱离其宗派而自立门户，若堂会内部没能建立起有效的管理机制，很很难有上述的空间，造成宗派主义以及教会分裂35。
当前中国教会亟待构建一个合乎圣经立场、中国政治社会和公民社会背景以及国民性特征的教会体制。我们看到“两会”事实上已经成了类似长老制“区会、总会的议会机制（college）”，像主教制的首席或教务会议（synodical structure）的权力作用，甚至更多。而作为教会健康发展的需要，中国教会体制的构建首先在两会的定位，在理顺两会与教会之间的关系。时下有人提出加强两会的“教会性”的倡议，以笔者之见，用意可能也是在此。但两会就是两会，特别是“三自”，其性质既然是基督徒群体的政治运动36，就跟教会作为属灵团体的性质没太大观念。而对于中国教会体制的构建，我们首先需要把两会的政治形象变革为教会的政制形态，而后才能涉及堂会层面的变革。这一过程也许需要首先借助神学思想建设这一运动推进教会论的完善，并以此为基础，改变两会37的性质而后进行堂会层面治理的思考。
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